Durch den Rückbau der zahlreichen Hindernisse und der Durchführung von Renaturierungsmaßnahmen entlang des Nonnenfließes und der Schwärze konnte die Durchgängigkeit – besonders für die gefährdeten Arten Westgroppe und Bachneunauge – wieder hergestellt werden.
Die Erschließung von Vernässungsflächen in den Schönholzer Teichen und im Oberlauf des Nonnenfließes zum Wasserrückhalt in Hochwasserperioden unterstützt die Maßnahmen zur langfristigen Sanierung des Wasserhaushaltes der Region. Die Hochwassergefährdung für die Stadt Eberswalde konnte verringert und das Wasserdargebot für den Landschaftsraum im Hinblick auf Trockenzeiten verbessert werden.

Beim begleitenden Monitoring zur Entwicklung der Fischfauna arbeiteten deutsche und polnische Spezialisten zusammen. Vergleichend sollten dabei die Entwicklung der Fischbestände nach Renaturierungsmaßnahmen in der Drawa in Polen und dem Nonnenfließ untersucht werden. So konnten in diesem Projekt auch die partnerschaftlichen Beziehungen zum Drawieński Park Narodowy ausgebaut werden.

Bereits im Vorfeld war festgestellt worden, dass europaweit besonders gefährdete Arten, wie Bachneunauge (Lampetra planeri) und Westgroppe (Cottus gobi), im Nonnenfließ leben. Bis Anfang der 1990er Jahre wurden Schlammpeitzker (Misgurnus fossilis) im Nonnenfließ, Steinbeißer (Cobitis taenia) im Nonnenfließ und im Fabrikteich Spechthausen sowie der Edelkrebs (Astacus astacus) in der Schwärze und im Nonnenfließ nachgewiesen. Im Zeitraum Frühjahr 2005 bis Frühjahr 2006 wurde das Schutzgebiet systematisch mit einem Elektrofischgerät befischt und der Ist-Zustand bezüglich der vorhandenen Fischarten ermittelt. Gleichzeitig wurde schwerpunktmäßig im Unterlauf des Nonnenfließes nach dem Edelkrebs gesucht. Er und die Arten Schlammpeitzger und Steinbeißer konnten nicht mehr gefunden werden. Das Ergebnis zeigt elf Fischarten auf.

Nach Abschluss der Maßnahmen fanden 2008/2009 erneute Befischungen statt, insbesondere im Bereich der durchgängig gestalteten Abschnitte bzw. Bauwerke. Die Wirksamkeit der Maßnahmen wurde dokumentiert.